रुद्राक्ष धारणेच्या वेळी मंत्र उच्चारणाचे फार महत्त्व आहे. शास्त्रकारांनी अंगानुसार मंत्र सांगितले आहेत. ज्या अंगी रुद्राक्ष धारण केले जातील त्याच्याशी संबंधित मंत्राचा उच्चार केला पाहिजे .
डोळे तसेच कानात रुद्राक्ष धारण करते वेळी खालीलप्रमाणे मंत्र जप करावा.
ॐ ईशानः सर्व विद्यानामीश्र्वरः सर्वभूतानां ब्रह्माधिपति ब्रह्मणोऽधिपतिर्ब्रह्मा
शिवोमे अस्तु सदाशिवोम्
कंठात ( गळ्यात ) रुद्राक्ष धारण करते वेळी खालील मंत्रजप करावा.
ॐ त-पुरुषाय विद्महे महादेवाय धीमहि
तन्नो रुद्रः प्रचोदयात् ।
ह्रुदय तसेच भुजामध्ये रुद्राक्ष धारण करते वेळी खालील अघोर मंत्राचा उच्चार करावा.
ॐ अघोरेम्यो घोरेभ्यो घोरघोरतरेभ्यः सर्वेभ्यः सर्वसर्वेभ्यो नमस्ते अस्तु रुद्र रुपेभ्यः
या अघोर मंत्राने यज्ञोपवीत तथा कंबरेत रुद्राक्ष धारण केले जाऊ शकते.